إلا أن أسبارا أجريت في داخل بيت الصلاة أثبتت أن هذا الجامع كان في أول الأمر حصنا بيزنطيا، استعمله خرسان فيما بعد لإقامة الصلاة، فجعلوا منه جامعا خاصا بهم.

أما في عهد الموحدين، فقد لقيت تونس عناية، أكبر، خصوصا بتشييد القصبة على يدي عبد المؤمن بن علي سنة الأخماس 555 هـ / 1160 م) التي بلغ اتساعها حوالي الربع من مساحة المدينة والتي يمكن اعتبارها مدينة مستقلة بذاتها.

بعد أن أصبحت تونس انطلاقا من هذه الفترة، العاصمة الشرقة للأمبراطورية الموحدية، جاء الحفصيون بعد الموحدين، وتابعوا ما قام به من سبقهم