ولم ينح الجامع الأعظم من النهب والسلب، فيعلمنا ابن أبي دينار أن النصارى نهبوا خزائن جامع الزيتونة وحرقوا السقوف، كما يعلمنا أنه لحق المدارس ما لحق بالجامع. وتفرقت ما جمع فيها من دواوين العلوم.

وقد اعاد الكرة الإسبان سنة 980 هـ/1573م، ولم تختلف النتائج في هذه المرة عما سبقه في الاحتلال الأول. وقد بلغ الأمر بالجنود الإسبان إلى تحطيم سقوف الأبنية لاستعمال ألواحها للتدفئة، وقد بلغ الأمر بالجنود الإسبان إلى تحطيم سقوف الأبنية لاستعمال ألواحها للتدفئة، وهو ما تسبب في خروج عدد هام من سكان المدينة إلى