وقيامه بإلغاء هذه المدرسة وتشتيت أفرادها أدى إلى تدهور حركة الترجمة، حتى استؤنفت في عصر إسماعيل حيث قام رفاعة بجمع شتات تلاميذه القدامى وقاموا بترجمة قانون نابليون وغيره. كما وضع رفاعة كل مؤلفاته كـ"مناهج الألباب"، و"المرشد الأمين"، و"أنوار توفيق الجليل"وغيرها خلال تلك الفترة.
... وعلى الرغم من ذلك، فقد تم إدماج المدرسة ضمن مدرسة المعلمين الخديوية حتى جاء عام 1951 م وأعيدت المدرسة إلى الحياة مرة أخرى.