جامع محمد باي، في شكله العام وفي نواحيه الفنية، يختلف في العديد من النقاط عن الجوامع التركية عكس جامع محمد علي بقلعة صلاح الدين المعتبر الجامع الوحيد في البلاد العربية الذي يشكل نسخة مطابقة للأصل لجوامع إسطنبول، كجامع السليمانية وبايازيت وغيرها، المتأثرة مباشرة بآيا صوفية، والتي أبدع في تصميمها المعماري سنان. أما جامع محمد باي، فيبدو أنه تأثر في أغلب نواحيه المعمارية وفي هيكله الخارجي بجامع ياني فاليدي (Yeni Valide) .