ولكن بالرغم من ذلك، تكبد الجيش الموحدي كثيراً من العناء والمشقة في محاولاته للقضاء على حركة بني غانية، وتقصي آثارها، وذلك لبعد المسافة بين المغرب وإفريقية، ورداءة سبل المواصلات، ولفراق الجند لأسرهم فترة طويلة من الزمن، ولما قاساه من آلام في مطاردته للعدو وترصُّد حركاته وفي أماكن وعرة أو صحراوية. وعلاوة على ذلك، فإن الحرب لم تكن متصلة، ولم ترجح فيها كفة طرف على الطرف الآخر بصورة حاسمة، الأمر الذي شجع حركات المقاومة للإسلام بالأندلس على استثمار الفرصة، أي انشغال الموحدين بإفريقية، لاستعادة مجدهم