ونعني بها الجامعات الإسلامية ممثلة بكليات أصول الدين ،والشريعة ، والمراكز البحثية التابعة لها .ولهذه المؤسسات مزايا تنفرد بها على المؤسسات الخيرية والشركات التجارية ، وهذه الميزات
تتمثل فيما توفره الجامعة من دقة البحث ، وعمقه ، من خلال إشراف أكابر العلماء عليه ، وإمكانية الحصول على ميزانيات ممتازة ، لتمويل تلك المشاريع .
ولكن مما يلاحظ على تلك الجهود المبذولة من قبل تلك المؤسسات الأكاديمية ، انه غالبا ما يكون التخطيط الأكاديمي للمشروعات غنيا بالأفكار، ولا يتوقف عند حجم العمل اللازم ،
وفي الوقت نفسه لا يدرك اقتصاديات المشاريع ، كما يفتقد إلى النظام الإداري المتحرر من القيود والروتين.
ولذلك تواجه الخطط الأكاديمية الكثير من العقبات، وفي غالب الأمر تنتهي تلك المشاريع بخفض الميزانيات ، فتضطرب الخطط ، ولا تصل في النهاية إلى بر الأمان .
ومن أبرز المؤسسات التي بذلت جهودا في خدمة السنة النبوية في هذا المجال:
1-مركز السنة بالجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة:
إذ خطط هذا المركز لإنتاج بعض المشاريع التقنية لخدمة السنة النبوية ، إلا أن الإدارة الفنية للمشروع لم تكن على مستوى متطلبات الهدف الضخم المفترض تحقيقه ، كما يقول أحد المتابعين لعمل المركز - وهو الأستاذ محمود المراكبي مدير شركة صخر السابق - ووقفت كثيرا أمام سبل التعاون مع الشركات المتخصصة ، وفي النهاية توقف التمويل، وانقطع العمل في المشروع دون تحقيق أي تقدم يذكر.
2 -مركز السنة والسيرة بجامعة قطر:
حيث حاول أيضا التنسيق بين العاملين في خدمة السنة النبوية وغيرها ، وقد عقدت ندوة بجامعة قطر ركزت على خدمة السنة النبوية ، ووضع الدكتور عبد العظيم الديب مشروعا أسماه"الحساب الآلي حافظ عصرنا"
ولكن لم يكن حظ مركز قطر بأفضل من مركز السنة بالمدينة المنورة.
ثانيا: مؤسسات وجمعيات خيرية .