بعد بلوغ الشيخ محمد زكي سن الرابعة عشرة التحق بالمدرسة الاعدادية الراقية ولما بلغ سنه السابعة عشرة عين اماما بالمسجد النبوي الشريف.

وفي عام 1331هـ عين عضوًا في مجلس التعزيزات الشرعية وبعد اربع سنوات عيِّن مفتيًا للشافعية بالمدينة وقد حقق الشيخ محمد زكي مكانه اجتماعية متميزة فهو يتصف بالورع والحلم والتواضع فعيِّن في عام 1338هـ قاضيًا بالمحكمة المستعجلة وصدر قرار تعيينه في السابع عشر من شهر رجب ونظرًا لما يتمتع به الشيخ محمد من سمعة طيبة في الاوساط القضائية فقد عيِّن في التاسع والعشرين من شهر رمضان المبارك عام 1344هـ نائبا لقاضي المدينة.

وفي عام 1346هـ تسلم منصب رئيس القضاة في هذه الوظيفة حتى عام 1357هـ.

وخلال عمله السابع ذاع صيته بين مدن المملكة ومحاكمها فاختير رئيسا للمحكمة الكبرى بمكة المكرمة حتى توفى في الثالث والعشرين من شهر شعبان 1365هـ.