تطورت المكتبة حيث تحوي الآن على أربع قاعات بالإضافة إلى قاعة نسائية في قسم النساء وقسم خاص بالمخطوطات حيث تحتوي على شتى أنواع العلوم الشرعية والتطبيقية.
إن عدد المخطوطات الأصلية بقسم المخطوطات بمكتبة المسجد النبوي سبعمئة وخمسة وثلاثون مخطوطًا مفردًا.
عدد مخطوطات الجامعي الأصلية مئتان واثنان وعشرون مخطوطًا. وهذه ثروة علمية لا يستهان بها وفي المكتبة
مصورات مفردة عددها ألف وثلاثمة مصوَّر.
أما الأفلام فهي أكثر من ستمئة فيلم.
وقد جهز القسم بأحدث آلات النسخ والتصوير والحاسب الآلي، وآلة تصوير ورقية وحاسب آلي بطابعة ليزر.
وتتنوع الموضوعات التي تناولتها المخطوطات بالقسم الآلي كعلوم القرآن، والقراءات والتجويد، والتفسير، ومصطلحه وعلومه، العقيدة، وأصول الفقه، والفرائض والفقه بمذاهبه المختلفة، وكذلك في السيرة، واللغة العربية، والنحو والصرف والعروض، وفي البلاغة، والطب، والأدب، والتاريخ والتراجم والأنساب، والمجاميع التي تشمل الموضوعات المختلفة. كما يوجد أربعمئة وعشرون مصحفًا مخطوطًا.
إن الوسائل المتبعة في الحصول على المخطوطات هي الوقف من فاعلي الخير الغيورين على تغذية هذه المكتبة في الحرم النيوي الشريف وكذلك الإهداء، ثم التبادل مع المراكز العلمية والباحثين.
والشراء من مالكي المخطوطات.
وتتم صيانة المخطوطات في قسم التجليد والترميم التابع للمكتبة فلا يخرج المخطوط إلى محلات التجليد، كما أنه يتم تعقيم المخطوطات بصفة دورية في المكتبة نفسها.
في المكتبة كنوز معرفية من المخطوطات تفوق كنوز الذهب والفضة من أهمها مخطوطة الكشف والبيان في تفسير القرآن في خمسة مجلدات. لأبي إسحق أحمد الثعالبي. ومخطوطة الجامع الصحيح للبخاري عشرون مجلدًا بخط نسخي جيد. وقد تحولت المكتبات الخاصة، بدافع الحب لرسول