تقوم فكرة عمل الشيك الإلكتروني بشكل مبسط على أن يكون للشخص المتعامل به كالبائعين مثلًا موقعًا على الشبكة، يحتوي على نموذج الدفع أو الفاتورة التي يتضمنها الموقع بنموذج الشيكات الإلكترونية. يقوم المستهلك بعد ذلك بتعبئة نموذج الشراء، أو الفاتورة، حيث تعود بعد ذلك إلى البائع مباشرة عبر البريد الإلكتروني بعد تعبئتها، في الوقت الذي يحرر شيكًا إلكترونيا لصالح الوسيط، الذي يتحقق بدوره من صحة المعلومات البنكية ومن خلال الاستفسار عبر الشبكة في قاعدة معلومات بنك العميل، فيرسل مباشرة إشعارًا رسميًا للبائع والمشتري بمدى صلاحية العملية.
ثم بعد ذلك يحرر موقع وسيط الدفع بالشيكات شيكًا إلكترونيًا، نيابة عن المشتري ويودعه في حساب البائع مباشرة. ويقوم الوسيط بإرسال كشف بقيمة العمولات المستحقة إلى البائع نهاية كل شهر، ويقبل الدفع بالشيكات الإلكترونية والتي لا تحسب هذه العمولات كنسب من قيمة العملية مهما كان حجمها بل كقيمة ثابتة، كما أنه ليس هناك وقت محدد لمعالجة هذه العمليات، حتى وإن تمت خلال نهاية الأسبوع، أو العطلة الرسمية، أو خلال ساعات الليل.
ويقوم الوسيط الذي هو حلقة الوصل بين مصدر الشيك الإلكتروني والبائع بنوعين من الخدمات: