كانت هناك العديد من التحديات لتحسين نظام العدالة الأفغاني, و التي كلها لها تأثير شديد على فعالية حملة مكافحة التمرد. أولا: عدم قدرة الحكومة على خفض سلطة أمراء الحرب و بسط سيطرتها على البلاد اثر على إصلاح قطاع العدالة. قادة أمراء الحرب , الذين سمح لهم الحفاظ على سيطرة فعلية على المناطق المستولي عليها عقب الإطاحة بنظام الطالبان, أسسوا نفوذ على المحاكم المحلية, السيطرة الحزبية للمحاكم أدى إلى تخويف بالتهديد للقضاة المعينين مركزيا. ثانيا: عدم قدرة الحكومة الأفغانية و عدم رغبتها للتصدي لانتشار الفساد الواسع والعميق الجذور خفض فعالية نظام العدالة. الفساد منذ فترة طويلة مستوطن بنظام العدالة, جزئيا لان موظفين غير مؤهلين موالين لمختلف الفصائل ببعض الأوقات نصبوا كموظفين محاكم. المحكمة العليا و مكتب النائب العام اتهما بفساد كبير. البنك العالمي استنتج بان أفغانستان كانت احد أعظم حكومة فاسدة في العالم. هيئة قضاء فاسدة تعتبر عائق جدي لنجاح حملة مكافحة التمرد, و تهدد المزيد من إضعاف الحكم الجيد و الدعم الشعبي, و يشل الإلية القانونية المؤسسية اللازمة لمحاكمة المتمردين و المجرمين.
استنتاج