أنشئ معهد الإمام الشاطبي عام 1410هـ ليسهم في رفع مستوى منسوبي الجمعيّة الّذين يقومون بتدريس الحلقات في المساجد , وأقام من أجل ذلك دوراتٍ متعدِّدةً في تلاوة القرآن وتجويده , وقراءاته . كما نظَّم دوراتٍ خاصّةً لأئمّةِ مساجد , وحرس الحدود , والدفاع المدنيِّ , ويمنح الدارس شهادة معتمدةً من الجمعيّة .

ثمّ انتقل معهد الشاطبيِّ نقلةً بعيدة بعد توصية اللّجنة المشكَّلة لدراسة أوضاع معاهد القرآن الكريم (معهد دار الأرقم بمكّة , ومعهد الإمام الشاطبيّ بجدّة , ومعهد القرآن الكريم بالرياض) وبعد دراسة واقع هذه المعاهد , والاطِّلاع على اقتراحٍ قدَّمه أ.د. محمّد إسماعيل ظافر بشأن فكرة إنشاء معاهد لجمعيّات التحفيظ لتخريج معلِّمين للقرآن الكريم , رأت اللّجنة ضرورة العناية بالمعاهد , وتطوير القائم منها , والتوسُّع في إنشاء معاهد جديدة , ووضعتْ لذلك أهدافًا , ونظامًا للدراسة , وخطّةً دراسيّة تقسم على أربعة فصولٍ في مائة ساعة معتمدة أسبوعيًّا , لتشمل الإعداد القرآنيَّ , والشرعيَّ , والإعداد المساند في اللغة العربيّة , والإعداد التربويِّ .

وقد كان معهد الإمام الشاطبيّ التابع لجمعيّة تحفيظ القرآن بجدّة , بل أحد عناصر الجمعيّة , السبّاق لتنفيذ ما رأته اللّجنة , فقام بافتتاح برنامج أو شعبة (دبلوم إعداد معلِّمي القرآن الكريم) في بداية العام الدراسيِّ 1422 ـ 1423هـ

وقد تخرّج في هذا البرنامج ثلاث دفعاتٍ من الطلاّب , وسوف يحتفل المعهد بتخريج الدفعة الأولى من الطالبات هذا العام 1425 ـ1426هـ .

والأهمّ من ذلك إعادة صياغة أهداف المعهد ؛ إذْ جُعِلتْ بالصورة التالية:

تأهيل معلِّمي ومعلِّمات القرآن الكريم , وإعدادهم إعدادًا علميًّا وتربويًّا و مهاريًّا .

تأهيل منسوبي الجمعيّة إداريّا ومهاريًّا .

تعريف المجتمع بالقرآن وعلومه , وتعليم التجويد لكافّة الفئات .