فإذا ما انتقلنا إلى العصور الوسطى في الغرب، فإننا نجد أن مفهوم معاداة اليهود أخذ يكتسب معاني ومدلولات جديدة تمامًا. فلم تَعُد اليهودية دينًا توحيديًا في تربة وثنية، وإنما أصبحت دينًا قديمًا مهزومًا في تربة توحيدية يسودها دين جديد منتصر واثق من نفسه يرى أن العهد القديم هو أحد كتبه المقدَّسة يحمله اليهود دون أن يعوا معناه الحقيقي. وهو دين كان يرى أن اليهود يلعبون دورًا مركزيًا في نظرته إلى الكون، فهم قَتَلة الرب، ولن تتم عملية الخلاص النهائية إلا بعد اعتناقهم المسيحية، أي أنهم يشغلون موقعًا مركزيًا في البداية والنهاية. وكان اليهود من جانبهم يكنون احتقارًا عميقًا للدين الجديد وينكرون أن المسيح عيسى بن مريم هو الماشيَّح. وقد تبدَّى الموقف المسيحي في مفهوم الشعب الشاهد، وفي جميع التشريعات والمراسيم المسيحية التي تؤكد لليهود حقوقهم، وفي ضرورة الحفاظ عليهم وعدم تنصيرهم بالقوة، مع الإبقاء عليهم في وضع هامشي ومتدن كشعب شاهد على أن الكنيسة على حق. فهم يحملون الكتاب المقدَّس الذي يتنبأ بمقدم المسيح ولكنهم لا يعون معنى ما يحملون، كما أنهم بضعفهم وذلتهم دليل على عظمة الكنيسة وانتصارها. وكان موقف الكنيسة يتمثل فيما يلي: «أن تكون يهوديًا جريمة، ولكنها جريمة ليس بإمكان مسيحي أن ينزل بصاحبها العقاب لأن الأمر متروك للرب» . وقد اعتبرت الكنيسة نفسها إسرائيل الحقيقية (باللاتينية: إسرائيل فيروس Israel verus) ، واعتبر المسيحيون أنفسهم شعب الرب. وكانت الكنيسة ترى نفسها أيضًا إسرائيل الروحية مقابل إسرائيل الجسدية (اليهودية) . وقد تطورت صورة اليهود في الوجدان المسيحي، فكان يُرمَز لهم بعيسو (مقابل يعقوب المسيحي) ، وبقابيل الذي قتل أخاه هابيل وأصبح كذلك قاتل المسيح. كما ساعدت الشعائر الدينية اليهودية، المتمثلة في صلاة الجماعة التي تتطلب النصاب (المنيان) وقوانين الطعام والزواج، على زيادة عزلة اليهود.