لم يكن نشاط كوندر (أو سير تشارلز وارين) علميًا محايدًا، ولم يَقصُر نشاطه على التنقيب، بل كانت له ميول صهيونية واستعمارية واضحة. فقد أبدى اهتمامًا بمشاريع السكك الحديدية المرتبطة تمامًا بالمشروع الاستعماري. وكان يذهب إلى أن الهدف من تأسيس صندوق استكشاف فلسطين هو توضيح ما جاء في التوراة، وهي عبارة تعني عادةً التفسير الحرفي العسكري للتاريخ المقدَّس الذي ورد في التوراة. ومن أهداف الصندوق الأخرى ـ حسب تصوُّره ـ مساعدة اليهود الذين سيكونون سكان البلاد في المستقبل، إذ سيزودهم الصندوق بالحقائق الثابتة عن طاقات وإمكانيات البلاد. وقد تَعاوَن كوندر بالفعل مع أحباء صهيون ولورنس أوليفانت. وساهم في عملية بعث التسميات التوراتية القديمة وتحديد مواقعها الحديثة. وفي عام 1892 قام بحملة تأييد للاستيطان اليهودي في فلسطين وذلك لتخفيف أثر ازدياد هجرة يهود شرق أوربا إلى إنجلترا. أما سير تشارلز وارين فكان ينادي بأن فلسطين تصلح لاستيعاب عشرة ملايين مستوطن يهودي (من فائض أوربا اليهودي ولا شك)

كَتب كوندر عدة كُتب، من أهمها كتاب عن تاريخ المملكة اللاتينية ُينوِّه فيه بأن الحملات الصليبية (أي حملات الفرنجة) حملات متحضرة وإلى أن مملكة القدس كانت نموذجًا للحكم العادل والمعتدل (تمامًا مثل الحكم البريطاني في الهند) ، أي أنه وضع حملات الفرنجة في إطارها الاستعماري. وكان يذهب إلى أن الاستعمار الإنجليزي قد أكمل ما فشل فيه الفرنجة، فقد عادت قبرص إلى الأمة التي غزتها أيام ريتشارد قلب الأسد، ونجح الإنجليز فيما أخفق فيه الملك لويس باحتلالهم مصر، ولم يَعُد الشرق قادرًا على صد الهجمات التجارية أو العسكرية الغربية، أي أن الوقت قد حان لعودة اليهود إلى فلسطين مع انتشار الاستعمار الغربي الأنجلو ساكسوني!