بدأ باقتناء مخطوطات المدينة في وقت مبكر وقبل أن يشرع في النسخ، ولا نعرف المصدر الذي حصل عليها منه ولا كيفية حصوله عليها.، إذ إنه لم يكن معنيًا بذكر هذه المعلومات على أي من المخطوطات التي اقتناها أو حتى نسخ منها.

واللافت للنظر أن ما تجمع لديه من مخطوطات عن المدينة يشكل قسمًا مهمًا من مكتبة المدينة المنورة التراثية، وإن كان قد غاب عنها بعض المصادر الأساسية، كتاريخ ابن شبة، والمغانم للفيروز ابادي، ووفاء الوفا للسمهودي.

تتميز بعض مخطوطات المدينة بالندرة والأهمية فلا نجد لها نسخة أخرى في مكتبات المدينة، مثل: إتحاف الزائر وإطراف المقيم للسائر لعبد الصمد بن عبد الوهاب ابن عساكر الدمشقي المكي.

وربما تكون المخطوطة من النسخ النادرة في العالم مثل: الحدائق الغوالي بين قبا والعوالي لأحمد بن مسدد الكازروني.

وقد أوقف السيد جعفر كتبه ووضع شروطًا للوقف تحدد الناظر، ومكان حفظها، وكيفية الاطلاع، ومنع إخراجها من مكان حفظها، واحتفظ لنفسه بالنظارة وأوصى بها من بعده لأولاده من الأصلاب دون البطون وأولادهم إلى الانقراض ومن بعدهم للمكتبة المحمودية في المدينة المنورة.

حظيت مخطوطات مكتبة السيد جعفر بعناية النظار بعد وفاة مؤسسها سنة ألف وثلاثمئة وأربعين هـ، وتنقلت معهم إلى البيوت التي سكنوها، الناظر الحالي هو السيد هاني بن إبراهيم جعفر هاشم

ومن فهارس مخطوطات مكتبة المدينة المنورة في ليدن فهرس

أعده المستشرق: كارلو لاندبرج

ترجمه من الفرنسية إلى الإنجليزية: د. عاصم حمدان علي حمدان وهو من أبناء المدينة المنورة البررة

وترجمه من الإنجليزية إلى العربية: د. عبيد محمد خيري