أعقبه من حرب الولايات المتحدة ضد الإرهاب كلاهما قد بدأا سلسلة من الأحداث التي ما تزال عواقبها الطويلة الأمد بعيدة عن أن تكون واضحة.

لقد كان للهجوم عواقب مباشرة وكاسحة بالنسبة إلى المسلمين.

وتحرك رد فعل الرئيس بوش مباشرة لإطاحة نظام حكم الطالبان في أفغانستان، ولمطاردة وتدمير أكثر ما يمكن من البنية التحتية للقاعدة داخل أفغانستان، ولكشف علاقاتها في دول أخرى كذلك. لقد أعلن بوش الحرب ضد الإرهاب لتكون مفتوحة النهاية ومن دون حدود في جهد يسعى الاستئصال هذا البلاء استئصا"كاملا. وعلى الرغم من أن الناحية العسكرية للحملة قد انتهت إلى حد كبير بالانتصار في أفغانستان، فإن الحرب استمرت على طول أبعاد واسعة مع حشد موارد غير عادية - دبلوماسية، واستخباراتية، وأفراد من الهجرة والشرطة، والقوات الخاصة، والتحقيقات المالية - من أجل كشف القوى الإرهابية، وصدها، وتحييدها في أي مكان يمكن أن توجد فيه لإقناع كل الدول بالمشاركة في العمل، أو للضغط عليها، أو لإجبارها على ذلك."

مفعول الصدمة الذي كان لمثل هذا العمل المؤثر نشط العديد من الدول الأخرى، وخصوصا في الغرب، لتتفحص بعمق أكبر طبيعة التهديد القادم من الإرهاب الإسلامي. وتم توقيف المهاجرين المسلمين في الولايات المتحدة وفي أوروبا على نطاق واسع لأتفه مخالفة من مخالفات الهجرة وطلب من المجتمع الإسلامي بأكمله أن يتعاون مع مسؤولي تنفيذ القانون في مناقشة الراديكاليين المحتملين في داخل المجتمع. وصدرت تنظيمات جديدة في الولايات المتحدة للتأشيرة وضعت متطلبات خاصة على الذكور من المسلمين من عمر الثامنة عشرة إلى الأربعين من العمر. وصار"رسم الصورة العرقية"للمسلم إجراء نموذجية بالنسبة إلى جميع مسؤولي الأمن وتنفيذ القانون.