تولى جيفرسون منصب حاكم ولاية فرجينيا 1779 - 1781. أشرف على نقل عاصمة الولاية من وليامز إلى موقع أكثر مركزية وهو ريتشموند في 1780. لقد واصل الدعوة إلى الإصلاحات التعليمية في كلية وليام وماري، بما في ذلك ميثاق شرف بين الشرطي والطالب وهو الأول في الأمة. في عام 1779، وبناء على طلب من جيفرسون، عبنت كلية وليام وماري جورج ويئي ليكون أول أستاذ للقانون في جامعة أمريكية. بسبب عدم رضاه عن معدل التغير الذي أراد تحقيقه، أصبح في وقت لاحق مؤسس لجامعة فيرجينيا، والتي كانت أول جامعة في الولايات المتحدة في مجال التعليم العالي والتي كانت منفصلة تماما عن العقيدة الدينية.

تعرضت فرجينيا للغزو مرتين من قبل البريطانيين الأولى بقيادة البابا بنديکت آرنولد ثم اللورد کورتواليس خلال فترة تولى جيفرسون منصب حاكم الولاية. كان هو وإلى

جانبه باتريك هنري وزعماء آخرين من ولاية فرجينيا على بعد عشر دقائق من إلقاء القبض عليهم من قبل بناستر تارلتون، وهو عقيد بريطاني يقود فرقة الفرسان التي كانت قد قامت بغارة على المنطقة في يونيو 1781.

الرفض العام على أدائه أخر تطور مستقبله السياسي، ولم يتم إعادة انتخابه مرة أخرى المناصب عامة في ولاية فرجينيا إلا أنه تم تعينه في المجلس التشريعي للولاية بالكونغرس في عام 1783.

عينت محافظة فرجينيا التشريعية جيفرسون في كونغرس الاتحاد في 6 حزيران 1783، بدأت فترة ولايته في أول تشرين الثاني. كان عضوا في لجنة شكلت لتحديد أسعار صرف العملات الأجنبية، وبهذه الصفة أوصى بأن العملة الأمريكية ينبغي أن تستند إلى النظام العشري. كما أوصى جيفرسون بإنشاء لجنة من المحافظات، لتعمل بوصفها الذراع التنفيذية للكونجرس عندما كان الكونغرس في الدورة

غادر الكونغرس عندما انتخب وزير مفوضا في 7 أيار / مايو 1784 وأصبح وزيرا الفرنسا في 1785 م.