غالبا ما يشاع أن آدامز كان يشير إلى جيفرسون في كلماته الأخيرة، غير مدرك وقاته.

على الرغم من أنه ولد في واحدة من أغنى العائلات في الولايات المتحدة، كان توماس جيفرسون يعاني من الديون عند وفاته.

كان جيفرسون أول رئيس يقترح فكرة وضع خطة لإزالة الهنود الحمر رسميا .. غالبا اينم نسب الفضل بشكل خاطئ إلى أندرو جاكسون بخصوص مشروع إزالة الهنود، وذلك لأن الكونغرس أصدر قانون القضاء على الهنود في عام 1830، خلال فترة رئاسته، وأيضا بسبب مشاركته الشخصية في عمليات الإبادة الجماعية القوية وإزالة العديد من القبائل الشرقية، ولكن جاكسون كان يقوم بمجرد تقنين وتنفيذ خطة وضعت من قبل جيفرسون في سلسلة من الرسائل الخاصة التي بدأت في عام 1803 (على سبيل المثال، انظر الرسالة إلى وليام هنري هاريسون) .

اقتراحات جيفرسون الأولى بإزالة الهنود کانت ما بين 1779 و 1779، عندما أوصى بإجبار قبائل الشيروكي والشوني بأن يطردوا من ديارهم إلى أراضي أجدادهم غرب نهر المسيسبي.

شاهد قبره الأصلي، يقع الآن في الحرم الجامعي الرباعي في جامعة ميسوري.

تم اختيار جيفرسون جنبا إلى جنب مع جورج واشنطن وتيودور روزفلت وإبراهام لينكولن، من قبل النحات جوتزون بور جلوم ووافق عليه الرئيس كالفين كوليدج بأن يصور أشكالهم على الحجر في جبل رشمور التذكاري.

وتظهر صورة جيفرسون على ورقة 2 دولار أمريكي، والنيكل، و 100 دولار المجموعة سندات التوفير إي إي.

وهناك النصب التذكارية في الآونة الأخيرة لجيفرسون تشمل تنصيب السفينة نوا توماس جيفرسون في نورفولك بولاية فيرجينيا يوم 8 يوليو، 2003، في احتفال أقامته المسح الساحل، ووضع نصب تذكاري من البرونز في جيفرسون بارك، بشيكاغو عند مدخل جيفرسون بارك مركز ميلووكي باكس العابر على طول الجادة في عام 2005.