دستوري. وألغي قانون السلطة القضائية من 1801 وأزال الكثير من"قضاة منتصف الليله لآدامز من مناصبهم، الأمر الذي أدى إلى أن المحكمة العليا بنت في القضية الهامة لماربوري ضد ماديسون. خاض حرب السنوات الأربعة مع يوسف باشا حاکم ليبيا (1801 - 1805) ، وهي أول حرب كبيرة لأميركا في الخارج، وأنشأ الأكاديمية العسكرية للولايات المتحدة في وست بوينت في عام 1802."

في عام 1803، على الرغم من الشكوك حول دستورية سلطة الكونغرس الشراء الأراضي، اشترى جيفرسون لويزيانا من فرنسا، وضاعف حجم الولايات المتحدة. الأرض المكتسبة تساوي 23 في المئة من حجم الولايات المتحدة اليوم.

في عام 1807 حوكم نائب الرئيس السابق، آرون بور بتهمة الخيانة بأوامر من جيفرسون، ولكن تمت تبرئته. أثناء المحاكمة استدعى رئيس المحكمة جون مارشال جيفرسون الذي احتج استنادا إلى الامتياز التنفيذي، وادعى أن الرئيس لم يكن بحاجة إلى الامتثال، عندما نازع مارشال بأن الدستور لا يعطي رئيس الجمهورية أي استثناء الواجب الانصياع لأمر المحكمة، تراجع جيفرسون.

أصيبت سمعة جيفرسون بأضرار من جراء قانون الحظر عام 1807، والذي كان غير فعال وألغي في نهاية فترة ولايته الثانية.

في عام 1803، وقع الرئيس جيفرسون على مشروع قانون والذي يستثني السود من حمل بريد الولايات المتحدة. المؤرخ جون هوب فرانکلن دعا التوقيع تعبيرا عن عدم ثقة لا مبرر له لزنوج الحرة الذين لم يفعلوا شيئا ليستحقوا ذلك""

يوم 3 مارس، 1807، وقع جيفرسون على مشروع قانون يجعل استيراد الرقيق غير قانوني في الولايات المتحدة.

توفي جيفرسون يوم 4 يوليو 1829، وهي الذكرى السنوية الخمسين لاعتماد وثيقة إعلان الاستقلال. توفي قبل بضع ساعات من جون آدامز، شريكه في السعي لنيل الاستقلال، حينها المنافس السياسي الكبير، والصديق في وقت لاحق، وصديق الكتابة.