أمريكا والتأثير على الرأي العام، وحتى تخطى واشنطن لمناشدة الشعب؛ وهي مشاريع نجح جيفرسون في إحباطها. وفقا لشاشتر، اعتقد جيفرسون بأن النجاح السياسي في الداخل يعتمد على نجاح الجيش الفرنسي في أوروبا

خسر کمرشح ديمقراطي - جمهوري في 1799 أمام جون آدامز، ولكنه كان لديه ما يكفي من الأصوات الانتخابية ليصبح نائب رئيس (1797 - 1801) . كتب كتيبة عن النظام الداخلي للبرلمان، ولكن على خلاف ذلك تجنب مجلس الشيوخ.

بعد العمل مع آرون بور في نيويورك، حشد جيفرسون حزبه، وهاجم فرض ضرائب جديدة، ورشح نفسه لرئاسة الجمهورية في عام 1800. واتساقا مع التقاليد السائدة في تلك الأوقات، لم يقم بحملة انتخابية مسبقة لهذا المنصب وقبل إقرار التعديل الثاني عشر، نشات مشكلة مع الاتحاد الجديد للنظام الانتخابي. وتساوي مع بير على المركز الأول في المجمع الانتخابي، وترك مجلس النواب للبت في الانتخابات.

بعد مناقشات مطولة وتحت السيطرة داخل البيت الفدرالي أقنع هاملتون حزبه بأن جيفرسون سوف يكون أقل شرا سياسيا من بير وأن مثل هذه الفضيحة في العملية الانتخابية من شأنها أن تقوض نظام لا يزال شابا. تم حل هذه المسألة من قبل مجلس النواب، في 17 فبراير 1801، بعد ستة وثلاثين صندوق اقتراع، عندما انتخب جيفرسون کرئيس وبير نائب الرئيس، رفض بير إبعاد نفسه عن الترشيح خلق رفض الدي جيفرسون، وفصل بير من المنصب في عام 1804 بعد مقتل هاميلتون في مبارزة على يد بيره

بعد انتخابه في عام 1800، تعرض جيفرسون للسخرية وسمي الرئيس الزنجي.

ألغي جيفرسون العديد من الضرائب الاتحادية، وسعى إلى الاعتماد بشكل رئيسي على العائدات الجمركية

أصدر عفوا عن الذين كانوا قد شجنوا في إطار قانون الأجانب والتحريض على الفتنة، الذي أقره جون أدامز، والذي يعتقد جيفرسون أنه غير