وانشا جمعية"مصر الفتاة"السرية، وأنشأ صحيفة تنطق باسمها هي صحيفة مصر الفتاه ولم يكن فيها مصري واحد كما روي تلميذه محمد عبده" (1) ."
وكان أغلب أعضائها من شباب اليهود (2) وكان له علاقة وطيدة مع الملحد"ميرزا محمد باقر (3) والذي مات على صدره هو اليوناني المتمصر جورج کونش"أحد أمناء أسراره و أحد مترجمي حياته (4) .
وانشا اثناء إقامته في الهند جمعية العروة الوثقي"السرية التي امتد نشاطها إلى الشام و إلى مصر وإلى السودان وإلى تونس وكان من أعضائها عبد القادر الجزائري ومن اختار من أنجاله ورجاله، ومنهم: محمد احمد المهدي السوداني الذي تتلمذ على الأفغاني في مصر أربع سنوات، ويرى البعض أن مقالات العروة الوثقى لا يوجد فيها أي بحث يؤيد مزاعم القائلين بان جمال الدين كان يدعو إلى توحيد البلاد الإسلامية تحت راية دولة واحدة، ولم تكن تستهدف العروة الوثقى أن يكون للمسلمين كلهم دولة واحدة، وان يجمع كلمتهم خليفة واحد، وإنما كان يستهدف من دعوة العروة الوثقى تقوية عناصر كل دولة من دول العالم الإسلامي حتى تلحق الدول الأوروبية في العزة والمنعة (5) "
1 -محمد عبده: أسباب الحوادث العرابية
2 -محمد رشيد رضا: تاريخ الأستاذ الإمام.
3-هاني المرعشلي: جمال الدين الأفغاني، التجنيد في الفكر الإسلامي المعاصر، ص 64
4 -نفس لمراجع.
5-هاني عبد الوهاب المرعشلي: التجديد في الفكر الإسلامي المعاصر جمال الدين الأفغاني ص 64 - ص 65