1 -إن من اعظم المعوقات في طريق العمل الخيري في فلسطين تنامي الحاجات للمساعدة يومًا بعد يوم متزامنة مع اشتداد وطأة الاحتلال والحصار والإغلاق والضغوط و الاضطهاد بكل أشكاله، والتي تصب كلها بزيادة الحجم المطلوب من الجهات الخيرية الإسلامية العاملة على الساحة الفلسطينية مع عدم وجود نمو مواز في الإمكانات المتوفرة. فحرب غزة الأخيرة والجدار العازل زادت من الأعباء بشكل عملاق.

وأما في القدس فمع استمرار الحفر وشق الأنفاق المتواصل وتهويد وجه المدينة ازدادت وتضخمت الحاجة لأعمال الترميم المستمرة في المسجد الأقصى ومحيطه بشكل غير مسبوق، وزاد الحمل بسبب التغيير لحدود المدينة واخراج معظم احيائها العربية منها.

فالمؤسسات الخيرية الآن عليها أيضًا ان تعمل على توفير مساكن بديلة لمن خرجت مساكنهم من حدود القدس حتى يحافظوا على إقامتهم المقدسية، ولمنع تحقيق الهدف اليهودي بتفريغ المدينة من سكانها المسلمين لاستفرادهم بالأقصى، وهذا عبء عظيم على الجهات الخيرية في فلسطين لتوفير المساكن في الأحياء التي لا يمكن للاحتلال إخراجها من المدينة وهي السابق ذكرها والملاصقة للبلدة القديمة ووسط المدينة.

2 -من المعوقات الكبيرة التي تواجه العمل الخيري في فلسطين عدم اعتماد كثير من الجهات الخارجية المانحة على دراسات للواقع في داخل فلسطين قبل دعمها حتى تستطيع ان تقدر الشيء الذي تضطر إليه