وبالرغم من أن الخوارج هم الذين حملوا عليًا على قبول التحكيم، والتحاكم إلى القرآن فإنهم عادوا وأنكروا عليه وقالوا له: كيف تحكم الرجال في القرآن؟ لا حكم إلا الله .. فقال علي: كلمة حق أريد بها باطل. ثم أتى بالقرآن أمامهم وقال: يا قرآن احكم بيننا (انظر البداية والنهاية 7/ 276) أي ليس للقرآن لسان حتى يحكم وإنما يحكم الرجال بما عرفوا من كلام الله سبحانه وتعالى. وفي النهاية فارقوه وشقوا جيشه، واستحلوا دم عبدالله بن عبدالله بن حرام عندما حدثهم أن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: [ستكون فتنة النائم فيها خير من القاعد فيها، والقاعد فيها خير من القائم فيها والقائم فيها خير من الساعي فيها] (البخاري ومسلم والترمذي وأحمد) . ولذلك قاتلهم علي وانتصر عليهم، ولم ينج منهم إلا تسعة أشخاص فقط وكانوا اثني عشر ألفًا انحاز منهم أربعة آلاف إليه وقاتل الباقي. ولكن هؤلاء الذين نجوا ذهبوا وألبوا عليه وعلى معاوية وعمرو بن العاص رضي الله عنهم واستحلوا دماءهم جميعا وتمكن مارقهم الأكبر عبد الرحمن بن ملجم من قتل علي بن أبي طالب رضي الله عنه وهو خارج إلى صلاة الفجر في آخر جمعة من شهر رمضان وكان علي في ذلك الوقت خير من يدب على الأرض وإمام المسلمين، فانظر إلى بشاعة هذه الجريمة وانظر إلى ظن قاتله أنه كان يفعل خيرا ويريد رضوان الله ومرضاته كما قال عمران بن حطا شاعر الخوارج في وقته:

يا ضربة من تقي ما أراد بها ... إلا ليبلغ من ذي العرش رضوانا

ولكن صدق ابن المبارك الذي رد عليه فقال:

بل ضربة من شقي أوردته لظى ... وسوف يلقي بها الله غضبانًا

وفي الوقت الذي التأمت في الأمة مرة ثانية على معاوية رضي الله عنه قامت قيامة الخوارج وظلوا يشاغلون أمراء الدولة الإسلامية الأموية ويؤججون النار في جنباتها ويصرفونها عن فتح الأمصار، وكثيرا ما كانت جيوش المسلمين تتحول من بلاد الشرك لإخماد فتنتهم التي كانوا يشعلونها كلما سنحت لهم الظروف واستمر حالهم هذا طيلة الدولة العباسية أيضا فكانوا بذلك أعظم شر وبلاء مني به المسلمون. والأفكار الخارجية لم تمت إلى يومنا هذا بل يتناقلها الجهال من الخوارج المعاصرون ممن يقرءون القرآن ولا يفقهون آياته، ويحفظون الحديث لا يدرون معانيه، وما زال المسلمون إلى يومنا هذا يطلع عليهم بين الحين والآخر من يزعم نصر الدين وقول كلمة الحق فيترك أهل الأوثان والشرك و الإباحية والكفر ويعمل قلمه ولسانه في المسلمين بل وجدنا منهم من لا هم إلا مشاغله الدعاة إلى الله والتعرض لهم بالسب والتشهير وتأليف الرسائل في بيان مثالبهم في زعمهم واتهامهم بالمداهنة تارة، والركون إلى الظالمين تارة، وفعل بعض المعاصي تارة، والإفتاء بما يخالف آراءهم تارة ولمثل هذه الأمور التي يرونها مخالفات وما هي بمخالفات يستحلون أعراضهم وينتهكون حرماتهم ويفتشون على أسرارهم ولا يجدون لهم دينًا في الأرض إلا تفريق جماعاتهم وتمزيق وحدتهم وملء صدور الناس بكراهيتهم ومحاولة فض الناس عنهم. وهذا من أكبر الآثام ومن أكبر النواقض لأصل الإيمان الأصيل وهو أصل الولاء، ولو فقه هؤلاء الدين لوجب عليهم محبة إخوانهم في الإسلام والدعاء لهم بظهر الغيب، وشد أزرهم والنصح لهم، وبذل الأمر بالمعروف لهم بالتي هي احسن ولكن الحقد والبغضاء ملأت صدورهم، ونفخ الشيطان في قلوبهم فتراهم يرون أكبر المنكرات فلا يأبهون ويشاهدون أعظم الطواغيت فلا يغضبون ولكنهم يرون الهفوات والصغائر على إخوان العقيدة والدين، و أهل الدعوة والجهاد فتحمر أنوفهم وتزبد أفواههم ويعددون في كل مجلس مخالفتهم.