المرحلة الثانية:

هذه المرحلة بدأت بقبول"مغول التتار"دين الإسلام وهم أولاد"جنكيزخان"الذين احتلوا تركستان الشرقية بعد"قرا ختاي"وفي عهد"تغلق تيمورخان"في القرن 14 الميلادي بلغت هذه الدولة ذروتها وغايتها وانتهت بانتهاء السلطنة السعيدية في عام 1682 ميلادي والتي كانت تأسست في عام 1514 ميلادي وانتهت بأيدي صوفية ماوراء النهر والتبت والمغول البوذيين.

السمات المميزة لهذه المرحلة:

1 -قبول كل ملل وطوائف الكفر لدين الإسلام والذين كانوا قد استوطنوا في أرض تركستان الشرقية بسبب هجوم"قرا ختاي والتتار"وأصبحوا من السكان الأتراك المحلليين، وما بقي للكفار أي تجمع في تركستان الشرقية.

2 -قبول حوالي نصف البوذيين المقيمين في تركستان الإسلام.

3 -ما بقي من الكفار الذين كانوا يعيشون تحت الذمة كافرا واحدا وقد قبل جميعهم الإسلام.

4 -اختلاط جميع أقوام الترك بعضهم ببعض وتلاشي الفارق بينهم في اللغة وقويت العلاقات والروابط والاتفاقيات بينهم.

المرحلة الثالثة:

هذه المرحلة بدأت بقيام حركة المقاومة الجهادية"للمانجو"التي استولت على السلطة من صوفية"تبت المغول"وبلغت غايتها في عهد السلطنة القشغرية والتي عاشت من سنة 1866 إلى سنة 1878 ميلادي. وانتهت بدخول المانجو إلى تركستان الشرقية بتاريخ 17 نوفمبر سنة 1884 ميلادي بتأسيس"شنجيانغ".

السمات المميزة لهذه المرحلة

1 -زال وجود الكفار من تركستان الشرقية بالكامل وأصبحت ديار الإسلام نقية وتهيو الشعب التركستاني المسلم الذين كادوا أن ينقرضوا تحت ضغط الكفار للإسلام.

2 -عند ضعف الدولة العثمانية في آواخر القرن التاسع عشر استقلت تركستان الشرقية من أيدي المانجو الكفار وجعل دين الدولة الرسمي هو الإسلام وأعلنت البيعة لإسطمبول بتركيا.