4876/ 12 ورقة 81 - 87، 544 هـ؛ رقم 4876/ 6 ورقة 54 - 58، 544 هـ؛ دار الكتب المصرية طلعت مجموع 207؛ صنعاء كلام 167 ورقة 8؛ C Ambrosiana / 131/ 4 ورقة 32 - 36، 1092 هـ
3 -تفسير القرآن
صنعاء رقم 97؛ 1065 هـ؛
4 -الدليل على الله"الكبير"
دار الكتب المصرية رقم 239؛ طلعت مجموع 207 ورقة 25، 734 هـ؛ صنعاء كلام 167 ورقة 17؛ Berlin 4876/ 1 ورقة 19، 544 هـ؛
5 -الدليل على الله"الصغير"
6 -الردّ على الزنديق اللعين ابن المقفع
7 -الردّ على الملحد
8 -الردّ على الروافض من أصحاب الغلوّ
9 -الردّ على الرافضة
10 -الردّ على النصارى
11 -الردّ على المجبّرة
12 -رسالة إلى بعض بني عمّه
651 هـ؛
13 -صفة العرش والكرسي وتصريفهما
14 -القتل والقتال
15 -الكامل المنير في الردّ على الخوارج
دار الكتب المصريّة طلعت كلام رقم 165؛ صنعاء كلام رقم 165؛ 1038 هـ؛ المتحف البريطاني الملحق شرقية 3991/ 2 ورقة 230 - 298، 1090 هـ؛ Ambrosiana B / 62/ 15 ورقة 108 - 182؛
16 -كتاب الخمسة في الأصول الزيدية
17 -كتاب سياسة النفس
دار الكتب المصريّة طلعت تصوف 906 ورقة 11، البنغال 863 ورقة 141 - 143، 1081 هـ؛ Berlin 4876/ 13 ورقة 87 - 94، 544 هـ؛ Ambrosiana 131/ 17 ورقة 127 - 135، 1092 هـ رقم 186/ 18 ورقة 118 - 129؛ 651 هـ
18 -كتاب ما حددت النصارى من قولها قد استحصينا فيه جميع أصولها
19 -كتاب المسائل المنثورة على أسئلة لابنه محمد
المتحف البريطاني الملحق شرقية 3977/ 2 ورقة 19 - 67, 1019 هـ؛ C Ambrosiana / 204/ 2 ورقة 9، 1071 هـ؛
20 -كتاب المسائل مما سئل عنه ابنه الحسن
المتحف البريطاني الملحق شرقية رقم 3977 ورقة 256 - 319، 1019 هـ؛
21 -كتاب الهجرة للظالمين