وعند موت المخ نلحظ اضطرابا في عمل الهرمونات المرتبطة والمنظمة لهذه العملية وبالذات هرمونات الغدة الدرقية والكورتيزول، وكان لحقن هذه الهرمونات في حالة موت المخ تأثير واضح في إطالة موت المخ وتحسن أداء القلب، وبالرغم من تحلل أنسجة الوطاء Hypothalamus والمسيطر على إفرازات الغدة النخامية إلا أن وجود بعض هذه الهرمونات بعد موت المخ يكون نتيجة وجود مصادر أخرى لإفرازها مثل البنكرياس، أي أن وجود بعض هذه الهرمونات في الدم ليس دليلا ضد موت المخ بالكامل. (22) .، ويرجع البعض الاختلال إلى أنه نتيجة ارتفاع مادة السيتوكينز في الدم Cytokines. (23) .. كما لوحظ حدوث تغييرات فسيولوجية خطيرة مثل الإضطراب الخلوي العام في التمثيل الغذائي في حالات موت المخ. (24) .، يترتب على ذلك تدني عملية التمثيل الغذائي والذي يترتب عليه التدني في إنتاج الطاقة من المواد الغذائية من ناحية والتدني في درجة حرارة الجسم من ناحية أخرى، وهذا بدوره يقلل نشاط الإنزيمات الخاصة بالتمثيل الغذائي لأنها تفقد الوسط البيئي الأمثل بوجودها في درجة الحرارة المثلى للتفاعل الكيميائي، وهي درجة الحرارة الطبيعية للدم (388 مئوية) ليؤدي إلى مزيد من الهبوط وهكذا.