الحرب للسكان في الجنوب, كانت الطالبان أوليا مقبولة جدا. تقدمت قواتها بسرعة على طول الناحية الشرقية و الجنوبية لأفغانستان, مستولية على تسعة من ثلاثين محافظة بحلول فيفري 1995. استلمت الحركة تأييدا قويا من مديرية الخدمات المشتركة الاستخبراتية ( ISI ) الباكستانية, التي ساعدت في تجنيد الأعضاء و وفرت أسلحة, تدريب, و مساعدة تقنية. في 1995 استولت الطالبان على كابول و بالرغم من النكسات المؤقتة, استولت على المدن الشمالية لمزار, قندوز, و طلقان في 1998.

بحلول 2001, سيطرت الطلبان عمليا على كل أفغانستان. باستثناء شظية صغيرة من ارض المنطقة الشمالية الشرقية لكابول بوادي بانشجير التي تراجعت إليه قوات شاه مسعود و حلفائه. فرضت الطلبان نسخة دستور قمعية من قانون الشريعة, ممتنعة الموسيقى, مانعة النساء من العمل أو الذهاب إلى المدارس, و محرمة حرية الصحافة. وأيضا أصبحت أفغانستان ارض تربية لجهاديين و إرهابيين ينوون على هجوم الولايات المتحدة و أمم أخرى. أسامة بن لادن و شبكته القاعدة, استعملت مالها و تأثيرها لدعم نظام الطالبان و بالمقابل استلمت ترخيص لتدريب المشاركين و التخطيط للعماليات من التراب الأفغاني.

عملية تثبيت الحرية

بعد هجمات 11 سبتمبر 2001 الإرهابية في واشنطن, نيويورك, و بنسلفانيا, شنت الولايات المتحدة تثبيت الحرية , مساعدة قوات تحالف الشمال تحت قيادة عبد الرشيد دستم, عطا محمد نور, محمد قاسم فهيم, و قادة محليون آخرون و صعدوا تمرد ناجح ضد الطالبان. على مدى العديد من الأشهر القادمة, القوات الأمريكية و الأفغانية أجرت سلسة من العماليات الهجومية, مثل عملية اناكوندا أي الأفعى الكبيرة في وادي شاه يكوت شرق أفغانستان, ضد قوات الطالبان و القاعدة. النتيجة كانت أن معظم جهاديين الطالبان والقاعدة و الأجانب استقروا عبر الحدود في باكستان. على الرغم من استمرار القتال لعدة سنوات, الولايات المتحدة و ممثلين دوليين آخرين بدؤوا مساعدة أفغانستان بإعادة البناء بحلول ديسمبر 2001.

حين انهارت قاعدة سلطة الطالبان, اتجه الانتباه الدولي و المحلي إلى بناء الأمة. الأمم المتحدة ساعدت على تنظيم اجتماعا للقادة السياسيين الأفغان في بون, ألمانيا, في أواخر 2111. في 5 ديسمبر 2001 وقع الزعماء الأفغان اتفاقية بون. التي أسست جدول مواعيد لانتقال بنية السلطة الشرعية, التي انتهت إلى تأسيس حكومة ممثلة كاملة و منتخبة بحرية. صادق مجلس الأمن على النتيجة باليوم التالي بقرار 1381.9 تحت اتفاقية بون, وافق الإطراف على تأسيس حكومة مؤقتة تشمل ثلاثة أجسام رئيسية. 30 عضو إداري مؤقت برئاسة حميد كرزاي, الباشتوني الذي أخد السلطة في 22 ديسمبر,