ألف أبو عيسى عدة مؤلفات، منها:
١ - "الجامع" (١) ، وسيأتي الكلام عليه.
٢ - "أسماء الصحابة" (٢) ، وهو مطبوع.
٣ - "الأسماء والكنى" (٣) ، وبعضهم يجعله هو نفس كتابه "أسماء الصحابة" .
٤ - "التاريخ" ، نقل ابن نقطة من "تاريخ بخارى" لغنجار قوله: (وهو صاحب "الجامع" و "التاريخ" ) (٤) .
وقال ابن نديم: (وله من الكتب: "كتاب التاريخ" ) (٥) .
٥ - "التفسير" ، ذكره الخزرجي في "خلاصة تذهيب تهذيب الكمال" (٦) ، فقال: (أحد الأئمة الأعلام، وصاحب "الجامع" و "التفسير" ) .
وقول الخزرجي يحتمل أنه أفرد كتابا في التفسير، ويحتمل أنه يقصد كتاب التفسير الذي في "جامعه" ، وهذا هو الأقرب.