وفي عام 1782، قام أحد أصدقاء مندلسون بترجمة كتاب منَسَّى بن إسرائيل الذي يدافع فيه عن اليهود ونفعهم، وكتب له مندلسون المقدمة. وأثار الكتاب نقاشًا حادًا لأنه نادى بضرورة إلغاء حق الحاخامات في طرد اليهود من حظيرة الدين (حيريم) . ورد عليه أحد النقاد مبينًا أن مثل هذا المطلب غير منطقي لأن القسر الديني هو أحد أعمدة اليهودية، وزعم أن مندلسون اقترب (في موقعه هذا) من المسيحية التي لا تستند إلى الشرائع والقواعد وإنزال العقوبات بمن لاينفذها وإنما إلى العقائد الأخلاقية غير المرتبطة بنظام عقوبات.

واضطُر مندلسون إلى كتابة أورشليم: أو عن السلطة الدينية والعقيدة اليهودية (1783) للرد على الانتقادات الموجهة إليه. والكتاب في جزئه الأول يشبه كتاب إسبينوزا في دفاعه عن الحرية الدينية وحرية الضمير إذ أن للدولة وحدها، من وجهة نظره، حق استخدام القوة من أجل مصلحة المواطنين. ولكن لا الدولة ذاتها ولا الكنيسة لها الحق في فرض أية قيود على عقيدة الإنسان، أو على مبادئه، ولا يمكن تحديد مكانة الإنسان في المجتمع أو حقوقه بناء على عقيدته. ومن ثم طالب مندلسون بمنح كل فرد حرية العقيدة، ليقرر كلٌّ ما يشاء حسبما يمليه عليه ضميره وتصوُّره الأخلاقي. وإذا ما أرادت الكنيسة أو أية مؤسسة دينية أن تبشر بعقيدتها، فلابد أن تلجأ إلى الإقناع لا القسر وطالب بفصل الدين عن الدولة.