النفسي،"لحظة ما الذي نفعله نحن هنا؟ إنه رجل لطيف، ولكن ليس لديه فكرة عن الطيران. من جهة حرفية علينا أن نختبره". أطلع بريفوست إدارة المدرسة على مخاوفه التي استدعت ال (FBI) بعد بعض التردد.
في السادس عشر من آب/أغسطس، تم اعتقال الموسوي قرب المدرسة على يد عملاء في ال- (FBI) ، وفي دائرة الهجرة و التطبيع، وتم اتهامه بالبقاء فترة غ ير قانونية، و كغيره من المعتقلين المهاجرين اقتيد إلى سجن الولاية. وعندما بدأ العملاء الفدراليون باستجوابه بدا على استعداد للحديث بادئ الأمر (كانت إنكليزينه جيدة كفاية بحيث أهلته لنيل شهادة جامعية في الإدارة الدولية من جامعة س اوث بانك في لندن) . ووفقا لأحد محاميه فقد تعاون مع العملاء حتى سئل فيما إذا كان يخطط لعمل إرهابي باستخدام طائرة، كان جوابه:"أحتاج إلى محام". ولم يحصل على واحد. وبدلا من ذلك أوقف العملاء استجوابه و قرروا تحويل قضيته إلى قضية هجرة غير شرعية. (لا يسمح للمهاجرين غير الشرعيين بطلب محام) . وفي الأيام القليلة التي مضت، حاول عملاء مينيسوتا الحصول على مذكرة أمنية قومية خاصة تحت قانون مراقبة الأجانب استخبارية للبحث السري في كمبيوتر الموسوي ومقتنياته الخاصة على خلفية اعتقادهم بأنه عميل أجبي. (رفض الموسوي إعطاءهم الإذن) . لم تكن هناك محاولات لاستجوابه في أواخر آب/أغسطس وأيلول/سبتمبر. ولم يتغير وضع الموسوي حتى ما بعد 11 أيلول/سبتمبر حيث تم الإعلان عنه کشاهد و أرسل إلى نيويورك.
تم الإعلان عن التهم الموجهة ضد الموسوي في 11 كانون الأول/ديسمبر عام 2001، من قبل المدعي العام جون أشكروفت (John Ashcroft) الذي وصف الشكوى المقدمة عن هيئة المحلفين العليا في فرجينيا بأنها"تأريخ للشر". المم الموسوي"بأنه اتبع نفس التدريب وتلقى نفس التمويل ووعده بالتزام ما التزمه الخاطفون لقتل الأميركيين". لقد اقسم بالمؤامرة لارتكاب فعل إرهابي دولي ومحاولة اختطاف طائرة وتدميرها واستخدام أسلحة الدمار الشامل ومحاولة قتل موظفين فدراليين وتدمير ملكيات. التهم الأربع الأولى عقوبتها الإعدام.
كان الدليل الذي عرضته الحكومة دليلا عرضيا. فالبحث في كمبيوتر