وبعدها قاوم الحكومة المركزية ورفض دفع الضرائب إلى كابول وكذلك عائدات الجمارك (إن إقليم حيرات هو مركز تجاري قديم) . وقد جسد خان الصعوبة التي واجهت أميركا في التمييز بين العدو والحليف في أفغانستان. وقال أحد المسؤولين الأميركيين"إذا كان محمد فهيم وزير حكومة وإسماعيل خان قائدا عسكريا فأنت تسيء إلى اللغة". وعن المسؤول أن خان قد أمن إقليمه وعمل على استقراره واعتقد مراقبون خارجيون أنه قد يفوز بالانتخابات الإقليمية، ولكنه عامل حيرات كمقاطعة خاصة وحذر العديد في إدارة بوش بدعمه لإيران. في خريف 2003 دعاه"بالنموذج الأفضل لبلد إسلامي في العالم".

وأخيرلي خبير محلي أنه في ربيع العام 2003، وخلال زيارة قصيرة لدونالد رامسفيلد إلى كرزاي في كابول طرح سؤالا عن كيفية التخلص منه."لقد طلب من رامسفيلد الدعم لذلك ونتمنى له رامسفيلد حظا موفقا ولكنه قال أنه لا يمكن لأميركا التدخل في ذلك". ثم طرح الموضوع ثانية في شباط فبراير التالي مع قيادة الجيش الأميركي في باغرام كما أخبرني مستشار سابق في ال(سي

أي. إي). وطلب قائد أمير کي ذلك الشهر من الاستخبارات القيام بعملية جديدة ضد خان. وعلم مستشار سابق في ال (سي. آي. إي) من داخل الاستخبارات بضرورة التخلص من خان. وعندما سأل عن معنى ذلك جاءه الجواب التالي:"يجب التخلص من حان وإفاء نفوذه"(أنکر البنتاغون وجود

هكذا خطة).

في 21 آذار / مارس 2004 نشب صدام مسلح في حيرات بين قوات خان والموالين للحكومة المركزية. وتضاربت التقارير حول ما جرى، فلم يكن واضحا من بدأ القتال. ووفقا لتقرير عاملين في الأمم المتحدة في أفغانستان وصلت نسخة منه إلى نيويورك بدأ التوتر بين خان وأحد أكبر منافسيه، الجنرال عبد الزاهر نيبزادة حول السيطرة على الحامية العسكرية الأفغانية لحيرات. سمع ابن خان أن هناك محاولة الاغتيال والده، فذهب إلى مترل نيبزادة حيث قتله الحراس هناك مع آخرين فعمل إسماعيل خان على الانتقام من مهاجميه فأحرق مقر القيادة المحلية للميليشيا