وظل أبو بكر-رضي الله عنه-يجاهد مع النبي صلى الله عليه وسلم ويتحمل الإيذاء في سبيل نشر الإسلام، حتى أذن الرسول صلى الله عليه وسلم لأصحابه بالهجرة إلى الحبشة، حتى إذا بلغ مكانًا يبعد عن مكة مسيرة خمس ليال لقيه ابن الدغنة أحد سادات مكة، فقال له: أين تريد يا أبا بكر؟
فقال أبو بكر: أخرجني قومي فأريد أن أسيح في الأرض وأعبد ربي. فقال ابن الدغنة: فإن مثلك يا أبا بكر لا يخرج ولا يُخرج، أنا لك جار (أي أحميك) ، ارجع، واعبد ربك ببلدك، فرجع أبو بكر-رضي الله عنه- مع ابن الدغنة، فقال ابن الدغنة لقريش: إن أبا بكر لا يخرج مثله، ولا يخرج، فقالوا له: إذن مره أن يعبد ربه في داره ولا يؤذينا بذلك، ولا يعلنه، فإنا نخاف أن يفتن نساءنا وأبناءنا، ولبث أبو بكر يعبد ربه في داره.
وفكر أبو بكر في أن يبني مسجدًا في فناء داره يصلي فيه ويقرأ القرآن، فلما فعل ذلك أخذت نساء المشركين وأبناؤهم يقبلون عليه، ويسمعونه، وهم معجبون بما يقرأ، وكان أبو بكر رقيق القلب، كثير البكاء عندما يقرأ القرآن، ففزع أهل مكة وخافوا، وأرسلوا إلى ابن الدغنة، فلما جاءهم قالوا: إنا كنا تركنا أبا بكر بجوارك، على أن يعبد ربه في داره، وقد جاوز ذلك فابتنى مسجدًا بفناء داره، فأعلن بالصلاة والقراءة فيه، وإنا قد خشينا أن يفتن نساءنا وأبناءنا فإنهه، فليسمع كلامك أو يردَّ إليك جوارك.
فذهب ابن الدغنة إلى أبي بكر وقال له: إما أن تعمل ما طلبت قريش أو أن تردَّ إليَّ جواري، فإني لا أحب أن تسمع العرب أني أخفرت رجلًا عقدت له (نقضت عهده) ، فقال أبو بكر في ثقة ويقين: فإن أرد إليك جوارك، وأرضى بجوار الله عز وجل.
وتعرض أبو بكر مرات كثيرة للاضطهاد والإيذاء من المشركين، لكنه بقي على إيمانه وثباته، وظل مؤيدًا للدين بماله وبكل ما يملك، فأنفق معظم ماله حتى قيل: إنه كان يملك أربعين ألف درهم أنفقها كلها في سبيل الله، وكان -رضي الله عنه- يشتري العبيد المستضعفين من المسلمين ثم يعتقهم ويحررهم.
وفي غزوة تبوك، حثَّ النبي صلى الله عليه وسلم على الصدقة والإنفاق، فحمل أبو بكر ماله كله وأعطاه للنبي (، فقال رسول الله صلى الله عليه وسلم له:"هل أبقيت لأهلك شيئًا؟"فقال: أبقيت لهم الله ورسوله، ثم جاء عمر -رضي الله عنه- بنصف ماله فقال له الرسول:"هل أبقيت لأهلك شيئًا؟"فقال نعم نصف مالي، وبلغ عمر ما صنع أبو بكر فقال"والله لا أسبقه إلى شيء أبدًا" [الترمذي] .
فقد كان رضي الله عنه يحب رسول الله حبًّا شديدًا، وكان الرسول صلى الله عليه وسلم يبادله الحب، وقد سئل النبي صلى الله عليه وسلم ذات يوم: أي الناس أحب إليك؟ فقال:"عائشة"فقيل له: من الرجال، قال:"أبوها" [البخاري] . وكان -رضي الله عنه- يقف على جبل أُحُد مع رسول الله صلى الله عليه وسلم ومعهما عمر، وعثمان-رضي الله عنهما-، فارتجف الجبل، فقال له الرسول صلى الله عليه وسلم:"اسكن أحد، فليس عليك إلا نبي وصديق وشهيدان" [البخاري] .
ولما وقعت حادثة الإسراء والمعراج، وأصبح النبي صلى الله عليه وسلم يحدث الناس بأنه قد أسري به من المسجد الحرام إلى المسجد الأقصى، ثم عرج به إلى السماء السابعة، قال المشركون: كيف هذا، ونحن نسير شهرًا حتى نصل إلى بيت