لكتاب (( طبقات الحنفية ) )لابن الحنائي نسخ مخطوطة عديدة في مكتبات العالم المهتمة بالمخطوطات نسبته إلى ابن الحنائي صراحة، وغفلت بعضها عن نسبه إذ قد يسقط الغلاف أو الورقة التي تحمل اسم المؤلف أو غير ذلك، ففي كل النسخ لم ينسب الكتاب إلى طاشكبرى زاده إلا في نسخة الكتاب المصرية والنسخة التي اعتمدها الناشر فقط.

وهاهي نسخ الكتاب المخطوطة وأماكن وجودها والمعلومات المتعلقة بها لتثبيت النسبة:

نسخة مخطوطة من الكتاب بعنوان (( مختصر في طبقات الحنفية ) )ذكر عليها اسم علي بن الحنائي في مكتبة القديس (R.. P. Paul Sbath) في القاهرة تحت الرقم (864) ، أشار إليها بروكلمان (1) .

نسخة مخطوطة في برلين بربل، أشار إليها بروكلمان (2) أيضًا، وهي النسخة التالية:

نسخة مخطوطة في مركز (Garrette) في مكتبة جامعة برنستن بأمريكا، ورقمها (706) فيها. وهذه النسخة هي التي أشار إليها بروكلمان بأنها نسخة برلين بربل إذ أن مخطوطات هذه المكتبة قد آلت أخيرًا إلى مركز جاريت كما يظهر من شرح واضعي الفهرس. وجاء في عنوانها: مختصر في ذكر طبقات الحنفية للمولى علي بن أمر الله بن الحنائي، تبدأ المخطوطة: بسم الله الرحمن الرحيم وبه التوفيق، الحمد لله رب العالمين والصلاة على سيدنا محمد وعلى آهل وصحبه أجمعين... . وجاء في نهايتها: تمت الطبقات في بيان علماء الإمام الأعظم رحمهم الله تعالى أجمعين آمين. وقد وقعت في (30) ورقة بقياس (20.5×12.7سم،(15.4×6.7سم) في (23) سطرًا بخط فارسي جميل، حليت عناوينها بالمداد الأحمر.

نسخة مخطوطة منسوبة إلى ابن الحنائي في المكتبة الظاهرية (3) بدمشق تحت الرقم (8950) تقع في (79) ورقة ترقى إلى القرن الثالث عشر.

نسخة ثانية في المكتبة نفسها ضمن المجموع المرقم (7831) شغلت الورقات (103-134) منسوبة إليه أيضًا.

(3) مخطوطات دار الكتب الظاهرية )) (ص336-337) .