واجه آرنولد خيبة الأمل مرات عديدة. فقد تم تخطِّيه في الترقية في فبراير 1777م، عندما عين الكونجرس خمسة لواءات جدد ممن هم أحدث منه في تاريخ الخدمة في الجيش، وأقنعه بعدم ترك الجيش الفريق أول جورج واشنطن. في مايو 1777م، رقى الكونجرس آرنولد إلى رتبة لواء مكافأة على شجاعته في المساعدة على دفع مجموعة بريطانية غازية إلى خارج كونكتيكت. في وقت لاحق من تلك السنة، خدم آرنولد تحت قيادة الفريق هوارشيو جيتس ضد الفريق أول البريطاني جون بيرجوين في أكتوبر 1777م. في المعركة الثانية بمزرعة فريمان أظهر آرنولد شجاعة باسلة ضد بيرجوين وأصيب من جديد بجرح خطير. هذه المعركة التي كسبها الوطنيون، تُعرف أيضًا بمعركة مرتفعات بيميس. قاد نصر الوطنيين إلى استسلام بيرجوين في ساراتوجا. بعد عدة أيام أخرى تلقى جيتس التكريم من أجل النصر. صوّت الكونجرس بأن يُقدم شكر الدولة لآرنولد وطلب من واشنطن أن يعيد أسبقية آرنولد على غيره ممن هم في رتبة فريق أول. في عام 1778م أخذ آرنولد قيادة فيلادلفيا. هناك تزوج مارجريت شيبان، وهي امرأة من أسرة بارزة. لم يكن آرنولد إداريًا جيدًا، وقد أتاح فرصة لانتقاده بسبب حياته البذخة. اتهمه المجلس التنفيذي لبنسلفانيا بأنه ليس شديدًا مع الأمريكيين الذين يعارضون الاستقلال عن بريطانيا، كما اتهمه باستخدام الموظفين العسكريين للقيام بخدمات شخصية. قامت محكمة عسكرية بتبرئة ساحة آرنولد، إلا أنها أمرت الفريق أول واشنطن بتوبيخه.
داوم آرنولد على التفكير والهم في ما اعتبره جحودًا وعدم عدالة من بلاده، وبدأ في مراسلة مع العدو. كان آرنولد يتولى قيادة وست بوينت في عام 1780م، وقام بعمل خطة لتسليم تلك القاعدة العسكرية المهمة إلى القائد البريطاني السير هنري كلينتون.