في هذه المرحلة تكون حيرة الباحث لا حدود لها فمن أين يبدأ؟ و كيف ينظم عمله؟ و ما الذي يجب مراعاته في هذه المرحلة؟ و ما الأخطاء التي يمكن أن يقع فيها في كتابة الرسالة؟ و كيف يتجنب هذه الأخطاء؟

و على الباحث ألا يقلق و لا ينزعج. فمعظم مكونات المحتوى الذي يريد كتابته في الرسالة موجود لديه بالفعل. و الامر الاّن هو عملية تجميع لكل ما لديه من أوراق و بطاقات و جدوال و شرائط و البدء في عملية تنظيم و ترتيب الأوراق و الوقت.

و يجب على الباحث دراسة القواعد التي تحددها كل جامعة بخصوص شكل الكتابة، و متطلبات إعداد الرسالة، و غيرها من الشروط الحاكمة من قبل الجامعة، ثم الاتفاق مع لجنة الاشراف على نظام العمل في إعداد فصول الدراسة و تقديمها للمراجعة و تحديد المواعيد.

يعتقد بعض الباحثين أن عليه أن يبدأ بالفصل الأول، و عليه أن ينتهي منه لتقديمه لهيئة الاشراف لمراجعته و قبوله بشكل نهائي قبل أن يبدأ في الفصل الثاني، و هكذا تباعًا في باقي فصول الرسالة و هذا خطأ جسيم.

إن أول خطوة لابد أن يقررها الباحث بالاتفاق مع هيئة الاشراف هي وضع هيكل عام لفصول الرسالة، و أهداف و محتوى كل فصل.

غالبا ما تتكون الرسالة من الأجزاء التالية

1 -صفحة العنوان 2 - صفحة الشكر

3 -صفحة المحتويات 4 - قائمة الجداول

5 -قائمة الأشكال 6 - بيان بملاحق البحث

الفصل الأول: يقدم فكرة البحث و خلفياته، و يعرض مشكلة البحث و أهميتها و حدودها، و تساؤلات البحث و فروضه و مسلماته، كما يشرح منهج البحث و إجراءاته.

الفصل الثاني:"الاطار النظري"و هو عصب الرسالة و الفكر الأساسي وراء منهج الدراسة و إجراءاتها. و يتناول هذا الفصل الأدبيات و الدراسات المرتبطة بمتغيرات البحث.

الفصل الثالث: تصميم و إعداد أدوات البحث.

الفصل الرابع: تنفيذ الجزء التطبيقي في البحث و تجميع البيانات اللازمة للإجابة عن أسئلة البحث.

الفصل الخامس: تحليل البيانات و استخلاص النتائج و الإجابة عن أسئلة البحث و الكشف عن مدى صحة الفروض.

الفصل السادس: تفسير نتائج البحث و مناقشتها، و التوصيات و البحوث المقترحة.

تنظيمات مختلفة لفصول الرسالة

قد تتطلب طبيعة البحث و متغيراته تنظيمات أُخرى:

-فمثلا نظرًا لتعدد المتغيرات في بعض البحوث و كثرة الأدبيات المرتبطة التي يرى الباحث مع هيئة الاشراف ضرورة طرحها في الاطار النظري فعندئذ قد يتقرر تقسيم الاطار النظري إلى فصلين.

-نرى في بعض البحوث تخصيص فصل مستقل لعرض الدراسات السابقة و هذا التوجه عليه الكثير من التحفظات بل ويعتبر من الأخطاء الشائعة للأسباب الأتية: