يستند فقه الأقليات أو فقه المهجر أو فقه التعارف إلى مجموعة من المصادر التشريعية، وهي المصادر نفسها التي يشتغل عليها الفقه الإسلامي بصفة عامة. ومن أهم هذه المصادر: القرآن الكريم، والسنة النبوية الشريفة، والإجماع، والقياس الاجتهادي، والمصلحة المرسلة، والاستحسان، وسد الذرائع، وشرع من قبلنا، والعرف، واستصحاب الحال، وقول الصحابي، والمذاهب الفقهية ...
كما تنضاف مصادر أخرى يمكن الأخذ بها أثناء التعامل مع النوازل والفتاوى تخص الأقليات المسلمة، مثل: قانون العلاقات الدولية والاتفاقيات المبرمة بين الدول، ومراعاة أحوال العرف والعادة والحال في دار العهد، والأخذ بالفقه المقارن أو ما يسمى بفقه الترجيح، والاستفادة بفقه الواقع وفقه المقاصد الشرعية بضرورياته وحاجياته وتحسيناته.