عانت الخدمة من ضربة أخرى في منتصف عام 1940 حينما انفصل القسم ه ليكون إدارة العمليات الخاصة على خلاف رغبة منزس، الأمر الذي أدى إلى توتر العلاقة مع هذه الإدارة (SOE) واستمر ذلك طوال فترة الحرب. يقول فيليب جونز، الذي انضم إلى إدارة العمليات الخاصة قادما من جهاز الاستخبارات الخارجية (MI 6) خلال سنوات الحرب. لقد كنت مشبعا بالاعتقاد بأن ادارة العمليات الخاصة طائشة وليست محل ثقة وتفتقر إلى الأمن. وكنت ألقى رسائل تقول في جحيم أوروبا"يتعرض عملاؤنا للمساومات وللخطر لذا فإن الحذر هو شعار التعامل مع هواة بيكر، وتم تأكيد أن معلوماتهم مأخوذة من مصادر غير مدربة ومن ثم لا يصح الاعتماد عليها في ايجاز، كانت إدارة التعليمات الخاصة مثيرة للشكوك وكان علم الثقة في إدارة العمليات الخاصة غير مقتصر على جهاز الاستخبارات الخارجية (MI 6) . فتاريخ الاستخبارات البحرية الخاص بالحرب يقول بأنها كانت يعميها القناع ويبهرها الخنجر"وأنها كانت تقطف الثمرة قبل نضوجها. >

امتد التنافس بين جهاز الاستخبارات الخارجية MI 6 و إدارة العمليات الخاصة إلى معارك خاصة بوسائل النقل المطلوبة لتسلل العملاء إلى الأراضي المحتلة، ونتيجة لعدم إعجابها بجهاز الاستخبارات الخارجية Mils ع السلاح الجوي الملكي والأسطول الملكي أن أي مساعدة تقدم لي الخدمة السرية هي بمثابة جهد ضائع، وتم إجبار لجنة الاستخبارات المشتركة (JIS) على الإصرار على أنه يجب إعطاء أي أولوية ممكنة لأي طلب من جهاز الاستخبارات الخارجية خاص بوسائل النقل". وفي إحدى المراحل، كان جهاز الاستخبارات الخارجية MI 6 وإدارة العمليات الخاصة soE بنيران قوات بحرية خاصة مناضة تضم مراكب صيد شراعية وقوارب طوربيد ذات محركات صغيرة، متمركزة بعضها على بعد أميال قليلة من بعض على"