كانت كنية علي (الرضا) أبو بكر، ذكر ذلك النوري الطبرسي في كتابه «النجم الثاقب في ألقاب وأسماء الحجة الغائب» قال: «14 - أبو بكر وهي إحدى كنى الإمام» .
وروى الأصفهاني قال: «عن أبي الصلت الهروي أنه قال: سألني المأمون يومًا عن مسألة فقلتُ: قال فيها أبو بكرنا .. فقال لي ابن مهران: مَنْ أبو بكركم فقلتُ: عليّ بن موسى الرضا كان يكنى بها» [87] .