1-جمع ترجيحات الشنقيطي من خلال الجزء المحدد من أول سورة الفاتحة إلى آخر سورة الأنعام .
2-ترتيب الآيات التي وقع فيها الترجيح حسب ورودها في المصحف .
3-ذكر مجمل الأقوال التي ذكرها الشنقيطي في الآية ثم أتبعها بترجيحه.
4-دراسة ترجيح الشنقيطي للمسألة دراسة مقارنة ، وقد نهجت في الدراسة ما يلي:
1-من قدّم من المفسرين قولًا في مسألة ما ، ثم أعقبه بقوله: وقيل كذا ، وقيل كذا ، فإني أجعل هذا القول مُقدمًا عنده على غيره من الأقوال وإن لم يصرح بالترجيح .
2-إذا رجح أحد المفسرين قولًا في مسألة ما ، فإنني قد أنص على ترجيحه بقولي: واختار هذا القول من المفسرين: فلان ، وقد لا أنص عليه ، بل أكتفي بقولي: وممن قال بهذا القول من المفسرين: فلان وفلان ؛ فيدخل فيه من اختار هذا القول ومن قدّمه ولم يرجحه .
3-إذا كان من بين الأقوال التي يحتملها معنى الآية، قول لم يظفر بترجيح أحد من العلماء ، فإنني عند دراسة الترجيح أذكر هذا القول ثم أحيل في الحاشية على من قال به من المفسرين .
5-بيان نتيجة الدراسة ملخصة مع المناقشة والترجيح .
6-توثيق المادة العلمية على النحو التالي:
أ - عزو الآيات القرآنية إلى سورها .
ب- عزو القراءات القرآنية إلى مصادرها الأصلية مع بيان الصحيح منها والشاذ .
ج- تخريج الأحاديث النبوية والآثار من مصادرها الأصلية ، فما كان بنحو لفظ الحديث أو بمعناه قيّدت ذلك بقولي: بنحوه أو بمعناه ، وما كان بلفظ الحديث سكتُّ عنه ، مع بيان درجة الحديث والحكم عليه من خلال أقوال العلماء إن لم يكن في الصحيحين .
د- توثيق الأقوال المنقولة عن العلماء .
و- شرح غريب الألفاظ والمصطلحات .
ز- التعريف بالأعلام الواردين في البحث، وقد ترجمت لكل من وقفت على ترجمة له .
ح- التعريف بالفرق والمذاهب والأماكن والبلدان .