واجه الاتحاديون نقدًا لاذعًا بسبب معارضتهم لفرنسا، التي كانت حليفة للأمريكيين خلال الثورة الأمريكية. وفي عام 1798م أجاز الاتحاديون قوانين ترمي إلى الحَدِّ من مثل ذلك النقد، ومنها اثنان من قوانين الأجانب يخوِّلان للرئيس سلطة إبعاد الأجانب أو سجنهم بمجرد أمر. أمّا قانون التحريض فقد جعل من النَّقْد الذي يُوَجَّه إلى الحكومة أو الرئيس أو الكونجرس جريمةً. هذا ولم يلجأ آدَمْز إلى تطبيق قوانين الأجانب قَطّ، إلا أن جماعة من الصحفيين الذين آزروا جيفرسون قد اعْتقلوا لمخالفتهم قانون التحريض. وقد أحدثت هذه القوانين عاصفة من الاستنكار.
وفي انتخابات عام 1800م حصل مرشحا الجمهوريين الديمقراطيين توماس جيفرسون وآرُون بور على 73 صوتا من أصوات الناخبين، بينما حصل آدَمْز على 65 صوتًا، لذا فقد اختار مجلس النواب جيفرسون رئيسًا.
في أواخر عام 1800م كانت الحكومة قد انتقلت من فيلادلفيا إلى واشنطن، فانتقل المرشح الديمقراطي آدمز إلى البيت الأبيض بالعاصمة الجديدة قبل اكتماله، وذلك قبل أشهر قليلة من انتهاء إدارته، وكان يقوم بالتَّعيينات في المناصب الحكومية لإدارته حتى آخر أيامه في الرئاسة. ويُعَدُّ تعيينه لجون مارشال رئيسًا للمحكمة العليا بالولايات المتحدة الأمريكية أهم هذه التعيينات. فقد ارتقى مارشال بالمحكمة العليا من هيئة ضعيفة لا يؤبه بها كثيرًا إلى فَرْع ثالث للحكومة يتميَّز بالندية والنَّشاط.
السنوات الأخيرة. رجع آدمز لكوينسي بعد مغادرته البيت الأبيض، حيث كَرَّسَ نفسه لدراسة التاريخ والفلسفة والدِّين. وتُوفِّي هناك في الرابع من شهر يوليو 1826م؛ وفي اليوم نفسه توفي أيضًا توماس جيفرسون.