3 -عدم المزج الجيد بين العلوم الشرعية والعلوم الاقتصادية.
4 -عدم مواكبة المنهج للتطورات النظرية و التطبيقية في مجال الاقتصاد الإسلامي.
1 -غلبة تخصص الاقتصاد الوضعي و العلوم الشرعية على حساب تخصص الاقتصاد الإسلامي.
2 -ضعف الإسهام العلمي بل انعدامه إذا أخذنا الوضع في جامعات أم درمان و القران الكريم وسنار وغرب كردفان.
3 -ضعف الدعوة للاقتصاد الإسلامي وندرة المراجع ووهن علاقات الأقسام بالمؤسسات الفكرية و التطبيقية الداخلية و الخارجية.
رابعًا:- سعى البحث إلى إيجاد تصور مقترح لتطوير مناهج الاقتصاد الإسلامي ويتكون التصور من:-
1 -تحديد هوية ومنهج وهدف الاقتصاد الإسلامي
2 -إنشاء تخصص للاقتصاد الإسلامي الشرعي للعمل في دائرة الفتوى و الرقابة الشرعية.
3 -إنشاء تخصص الاقتصاد الإسلامي تطبيقي للعمل في دائرة النشاط الاقتصادي.
4 -الاستفادة من التخصصات السابقة إما في كلية الاقتصاد الإسلامي،
أو كقسم منفصل في إحدى الكليات.
5 -تأهيل أعضاء هيئة التدريس و الاستفادة من العلاقات التبادلية الداخلية و الخارجية.
6 -مقترح لمقرر النظرية الاقتصادية الكلية من خلال ثلاث مقررات وهي:- مبادئ الاقتصاد الكلي، و التحليل الاقتصادي الكلي الإسلامي، والسياسات الاقتصادية الإسلامية.