عدم توحيد (تقييس) البروتكولات (أي الطرق، ومعايير الادراج، والتعامل مع المعطيات) بدرجة كافية، لضمان امكانية المقارنة بين النتائج وتحليلها بصور كافية.
عدم توافر المعطيات ذات العلاقة لصناع القرار، وغالبًا ما تظل المعطيات غير المنشورة في التقارير المتعلقة بالبرامج الوطنية والدولية، فضلًا عن قلة فرص توصل كثير من البرامج الوطنية إلى المجلات الدولية والوطنية.
عدم وجود وقت كاف لدي صناع القرار لتقييم نتائج البحوث، بسبب ما يواجهونه من مشكلات ملحة تتعلق بتنفيذ البرامج.
عدم وجود الخبرة الوطنية الكافية لتحديد الاحتياجات على صعيد المنطقة، وتخطيط البحوث الميدانية وتنفيذها، بينما تجنح البحوث الميدانية إلى التركيز على القضايا التقنية الملحة، مثل: نجاعة الأدوية، والمبيدات والمواد المشبعة بها، وعلي الرغم من زيادة التركيز مؤخرًا على القضايا الاجتماعية، والاقتصادية والثقافية وإصلاح القطاع الصحي، فإن القدرة المحلية في هذه المجالات البحثية المحدودة.
عدم كفاية الدعم المالي على الصعيدين الوطني والدولي، للبحوث الميدانية، إذ قلما يتم اندماج أنشطة البحث في الخطط الوطنية لمكافحة الملاريا، وتمويلها باعتبارها جزءًا منها، مع الاعتماد بدلًا من ذلك على الدعم الدولي، والثنائي المحدود.
التأخر الزائد في تغيير السياسات في ضوء البحوث الجديدة، وفي تنفيذ السياسات المعدلة.