الرغم من أنه لم يكن من المرجح أن يتوصلوا إلى حجم ما سوف يحدث، فإن وجود بذار بان هناك ارهابيين يخططون لاختطاف طائرة ربما كان كافيا من أجل التأكد من تحصين الأمن المتراخي الذي كان عاملا حاسما في نجاحهم.

وعلى الرغم من ذلك الكم المنهمر من البلاغات الذي جاء في أواخر الربيع وفي صيف عام 2001 بأن القاعدة تخطط للهجوم على أمريكا، واصل الإف بي اي الاعتقاد بأن الهجوم المحتمل سوف يقع خارج البلاد. كما فشلت سلطة الطيران الفيدرالية (FAA) ، التي تم تحذيرها أيضا من الخطر، في تحسين الأمن الخاص بالرحلات الداخلية بسبب مشورة مكتب التحقيقات. ان السخافة المطلقة لعمليات مكتب التحقيقات الفيدرالي (FBI) قد وضحت تماما من خلال الاهتمامات التي أبداها ضباطه في فونيكس، بأريزونا، قبل شهرين من الهجوم، بشأن بعض العرب الذين تمت مراقبتهم بشأن علاقاتهم الإرهابية المحتملة بسبب اهتمامهم بتعلم الطيران، وقد ورد اسم ابن لادن واقترحوا أن أعضاء من القاعدة ربما يستخدمون المدرسة للتدرب على هجمات إرهابية

وقد طالبوا أيضا بالتوسع في إجراء تحقيق يشمل كل مدارس تعليم الطيران الأمريكية لمعرفة ما إذا كان الأمر يتم على نطاق أوسع، ولم يتم سوى عمل القليل للاستجابة إلى هذا التقرير، على الرغم من إصرار ضباط مكتب التحقيقات الفيدرالي على أنه تم إرساله إلى المسئولين المعنيين، ولم يتم إرساله إلى فريق العمل المشترك الخاص بابن لادن، أو إلى السي آي ايه كما اقترح مؤلفه. كان أحد الطيارين العرب الذين تعلموا الطيران في مدرسة فونيكس للطيران هو هاني حنجور، الذي قاد إحدى الطائرات المخطوفة واصطدم يميني البنتاجون.

لم تكن السي أي ايه بريئة تماما من الجرم. فلم يكن جميع الإرهابيين ذوي سجل نظيف". فقد كانت وكالة الاستخبارات الأمريكية على علم بعلاقته"