في سنة 2001 كانت مهمة إدارة بوش قلب نظام الطالبان وحرمان القاعدة من ملاذها الأمن، وكانت مهمتها في سنة 2002 أن تساعد الإدارة المؤقتة الأفغانية على بناء سلطتها. إن حكومة أفغانية قوية، مرتكزة على الدستور ومشرعة بانتخابات ستكون عائقا لقضية المتطرفين الإسلامين.

كان الرئيس بوش قد انتقد طريقة لبناء الأمم، التي اتبعتها إدارة الرئيس کلينتون في حملة سنة 2000، وتذمر رامزفيلد من أن مسؤولين أميركيين جعلوا من البوسنة وكوسوفو بلدين تابعين بدلا من أن يكونا معتمدين على نفسيهما. والآن نواجه تحذي إعادة بناء المجتمع الأفغاني بعد تغيير النظام - وهي مهمة لم تكن الحكومة الأميركية مجهزة بشكل جيد للقيام بها. كانت قواتنا المسلحة وموظفونا المدنيون يفتقرون إلى المؤسسات والسلطات والموارد اللازمة لأعمال إعادة الإعمار. وسنواجه هذه المشكلة ايضا في عراق ما بعد صدام.

خلفت الطبيعة الاستثنائية لحربنا على الإرهابيين عددا من التحديات المؤسساتية. كانت الإدارة تتصارع مع مشكلة المساجين الذين قبض عليهم أثناء القتال: ما هي حالتهم الشخصية؟ من سيحتجز منهم واين؟ أي قانون سيطبق في التعامل معهم؟ وكان السؤال، إذا ما كان أو كيف يجب أن نستخدم القوات الأميركية المسلحة لمنع الهجمات الإرهابية داخل حدودنا، وكيف يجب على وزارة الدفاع أن تؤازر الدفاع عن الوطن من الداخل.

وكانت المشكلة الكبيرة الأخرى هي، كيف يجب على الحكومة الأميركية أن تستعد لمعركة الأفكار، كان العنصر الإيديولوجي للصراع أساسية، ولكن لم يكن هناك مكتب في الحكومة الأميركية مؤمل لمعالجته، ولم يعين اي مسؤول ليقوم بدور القائد.