وبعد المعركة كان الإمام علي يتفقد القتلى فرأى بينهم طلحة رضي الله عنه, فأخذ يمسح التراب عن وجهه ويقول: \"رحمة الله عليك أبا محمد, يعزّ عليّ أن أراك مجدولًا تحت نجوم السماء, ثم قال: إلى الله أشكو عُجري وبُجري -أي سرائري وأحزاني التي تجول في جوفي- والله لوددت إني كنت مت قبل هذا اليوم بعشرين سنة\".
وأعاد الإمام علي السيدة عائشة أم المؤمنين إلى المدينة معززة مكرّمة, وهذا من سمو أخلاقهم.
وقد ثبت أن خروج طلحة والزبير وعائشة إلى البصرة لم يكن لمقاتلة علي أو النكوث عن البيعة, إنما للإصلاح ومعاقبة المفسدين الذين قتلوا عثمان, وقد حققوا جزءًا من هذا الهدف إلى أن وقع القتال في الجمل.
معركة صفين
وبعد الفراغ من \"الجمل\"صمم أمير المؤمنين علي على أن يحمل معاوية -والي الشام-وأهل الشام على البيعة, وكان معاوية يرفض مبايعة عليّ حتى يسلمه قتلة عثمان للاقتصاص منهم لأنه وليه وابن عمّه, وكان الإمام علي يرفض هذا الشرط, ويشترط عليه المبايعة أولًا.
وسار الإمام علي في السنة السابعة والثلاثين للهجرة إلى صفين (بين العراق والشام) يريد قتال معاوية, ولم يكن معاوية يعتبر نفسه خليفة ولا يرى نفسه أفضل من علي, إنما وضع شرطًا لمبايعة عليّ وهو أن يتم تسليمه قتلة عثمان, حيث كان بعضهم في جيش علي, كما أن معاوية رفض قرار عزله.
وبرز السبئية من جديد وأخذوا يحثون الإمام علي والناس على قتال أهل الشام, فخرج الإمام علي لقتال معاوية, وقتل من المسلمين عدد كثير, إلا أنه دون ما ذكرته بعض الكتب التاريخية التي بالغت حتى أن أحدها ذكر أن قتلى الشام بلغوا تسعين ألفًا في الوقت الذي لم يتجاوز الجيش خمسة وثمانين ألفًا!