الترتيب الصوتي المخرجي، فابتدأ بأبعد الحروف مخرجًا؛ وهو العين، وانتهى بالحروف الشفوية والهوائية (واي) .

ومن منهج الخليل في الترتيب أنه جعل للمعجم ترتيبًا خارجيًا، وآخر داخليًا؛ ففي الترتيب الخارجي قسَّم المعجم ستَّةً وعشرين1 كتابًا على حروف المعجم؛ مبتدئًا بالعين، ومنتهيًا بحروف العلة (واي) والهمزة، مع التزام نظام التقليبات؛ أي أنه عالج الكلمة وتقليباتها المستعملة في موضع واحد على التوالي؛ فمثلًا كلمة (رَقَّ) تذكر في القاف؛ لأنه أسبق الحرفين، ويذكر مقلوبها؛ وهو (قَرَّ) وكلمة (بَحَر) تذكر في كتاب الحاء؛ لأنه أسبق الحروف الثلاثية فيها، ويذكر معها مقلوباتها؛ وهي كما يلي:

حرب، حبر، رحب، ربح، بحر، برح.

ولعل بحثه عن الحرف (المطلق) الأول في ترتيبه هو الذي قاده إلى نظام التقليبات، ولنا أن نعكس ذلك؛ فنقول: إن نظام التقليبات هو الذي أدى إلى إطلاق الحرف، أي: أن ينظر إلى الحرف الأسبق في ترتيب الحروف بغضِّ النظر عن موقعه من الكلمة.

1 لأنه دمج حروف العلة والهمزة في كتاب واحد، وكتبه كما يلي: ع- ح- هـ- خ-غ- ق- ك- ج-ش- ض- ص-س- ز- ظ- د- ت- ط- ذ- ث- ر- ل- ن- ف- ب- م- (وايء) .