ويبدأ الجزء الثاني بقوله: "بسم الله الرحمن الرحيم، اللهم صل وسلم على سيدنا محمد وآله وصحبه، باب: في ركعتي الفجر ... ".

وينتهي بنهاية باب: الأمير في السفر. بقوله: "تم الجزء الثاني من مجمع الزوائد، ولله الحمد".

ويشتمل هذا الجزء على الجزء الأخير من كتاب الصلاة، وعلى كتاب الجنائز، وعلى كتاب الزكاة، وعلى كتاب الصيام، وعلى كتاب الحج، وكتاب الأضاحي، وكتاب الصيد، وكتاب البيوع، وكتاب الأيمان والنذور، وكتاب الأحكام، وكتاب الوصايا، وكتاب الفرائض، وكتاب العتق، وكتاب النكاح، وكتاب الطلاق، وكتاب الأطعمة، وكتاب الأشربة، وكتاب الطب، وكتاب اللباس، وكتاب الخلافة.

ويبدأ الجزء الثالث بقوله: "بسم الله الرحمن الرحيم. كتاب الجهاد. باب: ما جاء في الهجرة ... " ويستمر هذا الجزء حتى (٣٧٣/ أ) حيث انتهى بنهاية باب: ما جاء في أبي الدحداح". ولم أعثر على فاصل بين الجزء الثالث، والجزء الذي يليه.

ويشتمل هذا القسم على كتاب الجهاد ص (١٣٦/ ب) ، وعلى كتاب قتال أهل البغي ص (١٦٨/ أ) ، وعلى كتاب الحدود والديات ص (١٧٤/ أ) ، وكتاب التفسير ص (١٧٥/ ب) ، وكتاب التعبير ص (١٩٥/ أ) وفي بدايته بياض. وقد كتب على الهامش الأيمن ما نصّه:

"قال: في الأم الذي نسخ منها هذا ساقط قدر صفحة من الأصل، وقد بقي هذا كما هو في الأم. ثم يأتي كتاب القدر ص (١٩٦/ ب) ، فكتاب الفتن ص (١٩٩/ ب) ، وكتاب الأدب ص (٢١٤/ ب) ، وكتاب البر والصلة ص (٢٢٥/ أ) ، وكتاب فيه ذكر الأنبياء ص (٢٣٢/ أ) ، وكتاب علامات النبوة ص (٢٣٣/ أ) ، فكتاب المناقب ص (٢٤٥/ ب) .