بقيت كنتاكي ضمن الولايات الاتحادية الشمالية خلال الحرب الأهلية الأمريكية (1861م - 1865م) ، ولكن كثيرًا من أهل كنتاكي كانوا يتعاطفون مع الجنوب. ولقد تأثرت الولاية بالأزمة الاقتصادية، التي أصابت الولايات الجنوبية بعد نهاية الحرب. وفي الفترة ما بين عامي 1904م و1909م استطاع الفلاحون في غرب كنتاكي، أن يكسروا احتكارًا لشراء التبغ إثر سلسلة من الغارات عُرفت باسم حرب بلاك باتش. وقد تعرض التعدين السطحي في استخراج الفحم الحجري لهجوم خلال السبعينيات من القرن العشرين لما يسببه من تآكل للتربة وتلويث للمياه، فصدر قانون اتحادي عام 1978م، نص على أن يقوم ملاك المناجم العاملة بأسلوب التعدين السطحي بإعادتها إلى ما كانت عليه.