ويرجع تاريخ المستوطنين الأوائل الذين استقروا في جزر ماركيساس إلى 2000 عام مضت. ولم يتأكد المؤرخون من المكان الذي أتوا منه؛ هل هو بولينيزيا أم أمريكا الجنوبية. ومازالت بقايا الآثار الحجرية موجودة في المنازل والسَّاحات الكبيرة الخاصة بالاحتفالات الدِّينية التي قام سكانها الأوائل ببنائها. في عام 1595م وصل المكتشف الأسباني ألفارو دي مندانا إلى الجزر الجنوبية، وسمّاها على اسم الماركيز دي مندوزا نائب الملك الأسباني في بيرو. وفي عام 1791م أبحر جوزيف إنجراهام وهو قبطان بحري أمريكي بين الجزر الشَّمالية.
كما زار العديد من صيادي الحيتان الأمريكيين الجزر في الفترة من العشرينيات إلى الستينيات من القرن التاسع عشر الميلادي حيث توفي الآلاف من سكان تلك الجزر بسبب الأمراض التي جلبها صائدو الحيتان. وفي عام 1842م ضمَّت فرنسا جزر الماركيساس وأرست قواتها في نوكو هيفا. وفي عام 1870م احتلت فرنسا جزر ماركيساس كلها. وقد وصف المؤلف الأمريكي هرمان ملفيل الجزر في قصته تايبي. وقضى الرَّسام الفرنسي بول جوجان الذي توفي في عام 1903م السنتين الأخيرتين من حياته في هيفا أوا حيث دفن فيها.