قاد ماك آرثر قوات الدفاع عن الفلبين وركَّز قواته في شبه جزيرة باتان وجزيرة كوريجدور في خليج مانيلا. وترك ماك آرثر في مارس 1942م كوريجدور ليذهب بعد ذلك إلى أستراليا. وتعهد فور وصوله هناك تعهدًا مشهورًا بالعودة مرة أخرى لرؤية شبه جزيرة باتان. نال ماك آرثر ميدالية الشرف لدفاعه عن الفلبين. وكان والده قد نال هذه الميدالية التي تُعتبر أرفع الدرجات العسكرية في البلاد، لاستبساله البطولي في الحرب الأهلية الأمريكية.
ويعد ماك آرثر ووالده الأب والابن الوحيدين اللذين نالا هذه الميدالية. وأصبح ماك آرثر قائدًا للقوات المتحالفة في جنوب غربي المحيط الهادئ، وبدأ هجومًا على اليابان، وطردت قواته اليابانيين عام 1943م من غينيا الجديدة وغربي نيو بريتن وجُزر أدميرالتي. وعزلت هذه الانتصارات القاعدة اليابانية في رابول، الميناء الرئيسي لنيو بريتن. واستعاد ماك آرثر في سبتمبر عام 1944م غربي غينيا الجديدة وموروتاي.
ونزلت قوات آرثر في 20 أكتوبر عام 1944م في جزيرة ليت الفلبينية ليحقق بذلك تعهده بالعودة إلى الفلبين. ووصلت قواته إلى ميندورو في وسط الفلبين في ديسمبر. وغزت في يناير عام 1945م لوزون، واستعادت معظم الجزيرة مع نهاية الحرب في أغسطس. كما استولى على جنوبي الفلبين وبورنيو.
استسلمت اليابان في أغسطس عام 1945م وعُيِّن ماك آرثر قائدًا لقوات الاحتلال المتحالفة في اليابان وترأس قمة القيادة في اليابان في الفترة ما بين عام 1945 و 1951م، وكانت قوات الاحتلال تهدف إلى عدم جعل اليابان قوة عسكرية وجعلها دولة ديمقراطية. أدار ماك آرثر اليابان بحيادية تامة، وأدخل إصلاحات أساسية في المجالات السياسية والاقتصادية والمؤسسات الاجتماعية. واحترم اليابانيون قدرات آرثر وخاصة عندما ضغط على الإمبراطور الياباني وحكومته لتنفيذ العديد من الإصلاحات.