في سنة 1819م وصل إلى سيدني جون توماس بيج، المحامي الذي عينته الحكومة البريطانية للتحقيق في إدارة ماكووري. وجه بيج انتقادًا شديدًا للطريقة التي عالج بها ماكووري مالية المستعمرة وإدارتها. وكانت النتيجة أن استقال ماكووري وغادر نيو ساوث ويلز في سنة 1822م عائدًا إلى إنجلترا، وهو يعاني المرارة والمرض.
توفي ماكووري، ودُفن في جزيرة مُل في أسكتلندا. وكتب على شاهد قبره أبو أستراليا.